قرارگاه پدافند هوایی خاتم‌الانبیا(ص) در سال 87 به دستور مقام معظم رهبری از نیروی هوایی ارتش منفک شده و هفت سال است که به‌عنوان یک قرارگاه مستقل با اولویت قرار دادن مسئله پدافند در مواجهه با تهدیدات، در راستای ایجاد انسجام در شبکه یکپارچه پدافند هوایی کشورایفای نقش می‌کند.
اطلاق عنوان قرارگاه برای این نهاد مستقل نظامی بدین جهت بود که مجموعه پدافند هوایی خاتم‌الانبیا(ص) از همه ظرفیت‌ها و قابلیت‌های موجود در سطح نیروهای مسلح کشور، اعم از ارتش، سپاه پاسداران، نیروی انتظامی، وزارت دفاع و پشتیبانی، استفاده کرده و با بهره‌برداری از شبکه یکپارچه پدافند هوایی دفاع قابل توجهی را در برابر تهدیدات پنهان و آشکار به منصه ظهور برساند.
